Avec les bonnes armes, pour citer JPII, N'ayez pas peur !
La mise à jour depuis Dotclear 1.2.4 vers 1.2.5 s'est faite en trois coups de cuillère à pot. En résumant à peine :

diff -c -r dotclear-1.2.4/ dotclear-1.2.5/ > diffs-124-125
patch -p1 --dry-run < diffs-124-125 && patch -p1 < diffs-124-125

Et voilà le travail !